andybrandt/mcp-simple-pubmed

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星标652
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简介

mcp-simple-pubmed 是一个让 AI 助手直接接入 PubMed 医学数据库的 MCP 插件。它解决了大模型在处理生物医学领域时常出现的“幻觉”问题，让 AI 能够实时检索并阅读最新的医学论文和生命科学文献。对于医疗从业者或科研人员来说，不再需要手动在浏览器和对话框之间反复复制粘贴摘要，直接在支持 MCP 的客户端（如 Claude Desktop）中即可完成文献检索与分析。该工具安装简单，通过 Python 环境即可快速部署，是构建医学知识库或进行科研综述的高效辅助工具。

核心亮点

  • 实时检索 PubMed 权威医学文献，减少 AI 幻觉
  • 支持直接阅读论文摘要，无需手动切换网页
  • 适用于医学科研、临床参考及生命科学综述
  • 基于 Python 快速部署，与 Claude 等客户端无缝集成

完整文档

![MseeP Badge](https://mseep.ai/app/andybrandt-mcp-simple-pubmed)

MCP Simple PubMed

![Trust Score](https://archestra.ai/mcp-catalog/andybrandt__mcp-simple-pubmed) ![smithery badge](https://smithery.ai/server/mcp-simple-pubmed)

一个通过 Entrez API 提供 PubMed 文章访问权限的 MCP server。

<a href="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj"><img width="380" height="200" src="https://glama.ai/mcp/servers/5wlfb8i6bj/badge" alt="mcp-simple-pubmed MCP server" /></a>

Features

Tools

  • Search PubMed - 使用关键词、MeSH 词表、作者姓名、日期范围和布尔运算符搜索数据库
  • Get Full Text - 在可用时下载全文（针对 PubMed Central 中的开放获取文章）
  • Access Abstracts - 通过 resource URIs 获取文章摘要和元数据

Prompts (v0.1.14 新增)

MCP Prompts 帮助您构建高效的 PubMed 搜索：
  • Systematic Review Search - 为系统评价生成包含 MeSH 词表、同义词和日期过滤的全面搜索策略
  • PICO Search - 使用 PICO 框架（Population, Intervention, Comparison, Outcome）构建临床问题搜索
  • Author Search - 通过正确的姓名格式查找特定作者的所有出版物这些提示词引导 AI 构建优化的 PubMed 查询，从而更轻松地进行全面的文献检索。

注意事项

请注意，该工具返回的是全文的 XML 化版本。然而，相比于“人类可读”的文本，这对 AI 更有用，因为它提供了关于文档结构的额外信息。至少 Claude 3.5 Sonnet 表示它更倾向于这种形式。

另请注意，该工具（以及可能其他工具）无法提供论文全文，并不一定是因为该全文不可用。在测试此工具时，我遇到一篇在 PubMed 上没有全文的论文，当 Claude 使用 fetch 访问出版物 URL（我们通过 DOI 获取了该链接）时，收到了 “forbidden” 错误。然而，我使用普通浏览器却能访问同一个页面。

换句话说，如果你的 AI 助手无法使用此工具获取论文全文，值得尝试使用普通 Web 浏览器手动访问。

最后，该工具当然无法让你访问付费墙/付费论文。你可以通过图书馆权限阅读，或者——作为最后手段——通过某个致力于让公共资助研究免费获取的特定网站阅读。

安装

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 Simple PubMed：

bash
npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude
### 手动安装
bash
pip install mcp-simple-pubmed
## 配置

服务器需要以下环境变量：

  • PUBMED_EMAIL：您的电子邮件地址（NCBI 要求）
  • PUBMED_API_KEY：可选的 API 密钥，用于提高速率限制

标准速率限制为 3 requests / second。由于在典型使用场景中，您的 AI 极不可能产生更多流量，因此未实现速率限制。如果需要，您可以 register for an API key，这将为您提供 10 requests / second。在 NCBI pages 上阅读相关内容。

在 Claude Desktop 中使用

添加到您的 Claude Desktop 配置 (claude_desktop_config.json)：

(Mac OS)

json
{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}
(Windows)
json
{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}
### macOS SSL 证书修复

如果你在 macOS 上遇到 SSL 证书验证错误（例如 [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain），你需要安装正确的证书包：

bash
/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command
将 3.13 替换为你的 Python 版本号。此脚本随 python.org 的 Python 安装包一起提供。

你也可以通过 Finder 运行它：

!image

如果你在 Claude Desktop 打开时进行此更改，则需要退出并重新启动它才能生效。

License

MIT License

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